Jmol
Jmol est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D. Il est essentiellement utilisé par les étudiants, les professeurs et les chercheurs en chimie et en biologie structurale.
Catégories :
Chémoinformatique - Représentation des molécules - Chimie générale - Plateforme Java - Logiciel libre sous licence LGPL - Logiciel utilisé en chimie
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- Le cœur du logiciel est hébergé dans notre centre de données, ...... Jmol est un outil de visualisation de molécules gratuit, open source, multi-plateformes... (source : blogsavoir.spaces.live)
| Jmol | |
 |
|
 Molécule de Streptavidine
|
|
| Développeur | L'équipe de développement de Jmol |
|---|---|
| Dernière version | |
| Version avancée | |
| Environnement | Multiplate-forme |
| Langues | Multilingue[1] |
| Type | Chemo-informatique |
| Licence | GNU Lesser General Public License |
| Site Web | Site de Jmol |
Jmol est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D. Il est essentiellement utilisé par les étudiants, les professeurs et les chercheurs en chimie et en biologie structurale. Il est développé en Java et est multi-plateformes. Ainsi, il fonctionne sous Windows, Mac OS X, Linux et les dispositifs Unix. Le logiciel est disponible sous trois formes :
- Une application indépendante
- Un kit logiciel pour intégrer Jmol dans d'autres applications Java
- Une applet Java qui peut être intégrée au sein de page Web et qui offre de nombreuses possibilités de visualiser des molécules
Le logiciel Jmol supporte de nombreux modes de visualisation :
- Boule et bâton (ball and stick)
- Remplissage CPK (space filling)
- Ruban (ribbon)
- etc.
De plus, Jmol peut lire de nombreux formats de fichiers, y compris les fichiers Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol) et Chemical Markup Language (CML).
L'applet Jmol offre une alternative libre et multiplate-forme au plugin Chime[2], qui n'est plus maintenu. Quoique possédant de nombreuses fonctions qui ne sont pas disponible dans Chime, le logiciel Jmol n'a pas pour objectif d'apporter l'ensemble des fonctionnalités de Chime (en particulier, le mode Sculpt). Chime nécessite l'installation d'un plugin et Internet Explorer 6.0 ou Firefox 2.0 avec le dispositif Microsoft Windows, ou OS 9/Netscape Communicator 4.8 avec le dispositif Macintosh. Jmol nécessite l'installation de Java et fonctionne sur une grande variété de plates-formes. A titre d'exemple, Jmol est entièrement fonctionnel avec Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera et Google Chrome sur le dispositif Microsoft Windows, Mozilla Firefox sur le dispositif Linux et Safari sur le dispositif Mac OS X.
Voir aussi
Références
- Traductions de Jmol
- (en) A. Herræz, Biomolecules in the Computer : Jmol to the Rescue, vol. 34, t. 4, 2006, 7 p. [lire en ligne] [présentation en ligne]
Liens externes
- (en) Site officiel
- (en) Wiki
- Traductions de Jmol
- (en) A. Herræz, Biomolecules in the Computer : Jmol to the Rescue, vol. 34, t. 4, 2006, 7 p. [lire en ligne] [présentation en ligne]
- (en) Wiki
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La version présentée ici à été extraite depuis cette source le 30/11/2010.
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